בראש 'מקיצי נרדמים' מכהן יושב ראש המשמש גם כעורך ראשי של הפרסומים. לצדו משמש מזכיר החברה המופקד על ניהול העמותה והוצאת הספרים. בוועד הפועל חברים חוקרים ממדעי היהדות המהווים מערכת ביקורתית ומקצועית לקבלת ההחלטות. כחברי כבוד מכובדים חוקרים מרחבי העולם שיש להם תרומה מיוחדת לפרסום כתבי יד. במשך השנים עמדו בראש החברה ראשי המדברים בחכמת ישראל באירופה, ארצות הברית וארץ ישראל, בהם חוקרי גניזה וכתבי יד, רבנים, סופרים, נגידים ותורמים.
